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A idéia de se fundar uma companhia particular para construir uma estrada de ferro em São Paulo surgiu em 1864, quando a São Paulo Railway, que ligava Santos a Jundiaí, declarou-se impossibilitada de prolongar seus trilhos até Campinas. Em 16 de dezembro de 1867 foi fundada a Companhia Paulista de Estradas de Ferro, para atender ao progresso da lavoura cafeeira.
A construção do Complexo Fepasa foi iniciada em 1870 e, em 1872, circulava o trem inaugural. O primeiro trem de tração elétrica da América do Sul circulou nas suas linhas em julho de 1922. A Previdência Social no Brasil também teve sua origem na Paulista, quando em janeiro de 1923, foi fundada a Caixa de Aposentadorias e Pensões dos Ferroviários. Na área de reflorestamento, a Paulista também foi pioneira com a criação de 18 hortos florestais para atender às ferrovias do estado de São Paulo.
O Complexo Fepasa também foi o precursor do Senai, que era oferecido a princípio somente aos ferroviários e filhos e colaborou na Revolução Paulista de 32 com o Trem Fantasma e os trens blindados praticamente parando toda sua atividade para atender aos revolucionários. Do movimento dos ferroviários também foi criado o Clube Grêmio C.P., o Clube Nacional, o Gabinete de Leitura Ruy Barbosa e o Paulista Futebol Clube.
Em 2001, o Complexo Fepasa foi transferido para a Prefeitura de Jundiaí. A estrutura compreende aproximadamente 111.000 m² sendo ocupado, atualmente, por diversos órgãos de serviços a população como o Poupatempo e a Fatec – Faculdade de Tecnologia bem como órgãos municipais.
A principal atração do Complexo Fepasa é o Museu da Cia. Paulista que conta com aproximadamente 5.000 peças em seu acervo e diversas locomotivas históricas, como a Maria Fumaça nº 1, por exemplo, sendo atração de turistas de todo o mundo.
O belo conjunto arquitetônico e o grande acervo documental também são utilizados para pesquisas feitas por estudantes, escritores e pesquisadores dando conta não só do aspecto histórico e cultural, mas também como subsidio para o setor de transporte e implantação de obras em parte do território nacional por deter mapas e relatórios.